No todas las opiniones sobre los alimentos recombinados son positivas, a continuación aparecen algunos posibles riesgos que se deben considerar:

Generación de alergias.

La alergia es una hipersensibilidad a una particular sustancia que, si se inhala, ingiere o se toca produce unos síntomas característicos.

La sustancia a la que se es alérgico recibe el nombre de alérgeno y los síntomas provocados son definidos como reacciones alérgicas. Cuando un alérgeno penetra en el organismo de un sujeto alérgico, el sistema inmunitario de éste responde produciendo una gran cantidad de anticuerpos llamados Ig E. La sucesiva exposición al mismo alérgeno producirá la liberación de mediadores químicos, en particular la histamina, que serán los responsables  de los síntomas típicos de la reacción alérgica.

La sintomatología de una alergia incluye alteraciones cutáneas (eczema de contacto, dermatitis atópica, urticaria y edema angioneural), alteraciones pulmonares (asma, neuropatía intersticial, neuropatía en eosinófilos), alteraciones oculares (conjuntivitis y queratitis), alteraciones otorrinolaringológicas (rinitis, sinusitis, epistaxis y anosmia), alteraciones digestivas (vómitos, dolor abdominal y diarreas) y alteraciones hematológicas (anemia, trombopenia, leucopenia y eosinofilia).

Cuando se aplican técnicas de ingeniería genética para alterar las propiedades nutricionales de los alimentos, suelen realizarse cambios en el contenido proteico. La mayoría de los alimentos transgénicos contienen proteínas para las cuales no se tienen métodos seguros para determinar si poseen o no capacidad alergénica. A través de la biotecnología las propiedades alergénicas pueden ser trasferidas de un alimento alergénico a otro que no lo es y provocar reacciones alérgicas a personas sensibles.

La compañía Pioneer Hi-Bred modificó semillas de soja con el objetivo de hacerlas más nutritivas a partir de un gen de nuez de Brasil que codificaba la metionina, aminoácido que no está presente en la soja. En este proceso de mejora también se transfirió un importante alergeno alimentario de las nueces, y como consecuencia las hojas causaron reacciones alérgicas similares a las propias de las nueces del Brasil. Esto se pudo observar después de realizar unas pruebas cutáneas a voluntarios alérgicos de las nueces del Brasil.

En el 1992 la Food and Drug Administration (FDA) estadounidense declaró que los alimentos transgénicos debían someterse a pruebas y era obligatorio especificar la sensibilidad alérgica en el etiquetado si se habían elaborado con ADN de cualquier alimento que se supiera que causara reacciones alérgicas.

En el año 1999 el York Nutrition Lab. de Inglaterra incluyó por primera vez la soja entre los diez posibles alergénicos en la alimentación humana y los casos de alergias subieron alrededor de un 50% en los años en que se introdujo la soja transgénica en el país (coincidiendo con la masificación del uso de soja genéticamente modificada en los últimos tiempos).

El polen de cultivos modificados genéticamente puede provocar problemas de alergias a personas sensibles. Un estudio realizado en la Universidad de Leicester para el Ministry of Agricultura, Fisheries and food (MAFF) de Londres pudo demostrar que las proteínas del polen recombinante podían permanecer activas en la miel durante varios días e incluso semanas.

Actualmente el riesgo no es muy elevado pero puede llegar a serlo si sigue aumentando el número de cultivos transgénicos.